士族地主在其占据的平原和山泽上建立田庄，当时称作“墅”或“园”。例如，会稽士族孔灵符在永兴建墅，“周边达三十三里，水陆地二百六十五顷，包含两座山，还有九个果园”。谢灵运在始宁的墅有南北二山，山上有五个果园，沿水渠两岸有大片良田。
在士族田庄经济中，农业占据主导地位。田庄内有大量耕地，并有河湖水渠等水利灌溉系统。耕地上种植着稻、麦、粟、桑、麻、蔬菜等作物。仅次于农业的是园林业，经营竹木果树等。此外，还有养鱼业和畜牧业，并且从事纺织、酿造、制造生产工具等多种手工业生产。由于经营多种产业，士族地主田庄具有自给自足的特点。
田庄里的生产者主要是佃客、部曲和奴隶，士族地主对他们的剥削和压迫十分残酷。但在东晋和南朝前期，田庄将大量劳动力组织起来，在山区水滨进行垦植，且士族地主还关注生产，此时地主田庄对江南地区的开发起到了一定的积极作用。后来，随着门阀士族日益腐朽，田庄逐渐成为束缚生产力发展的障碍。
自耕农是当时农业生产的重要力量，也是封建政府剥削的主要对象。他们对政府的负担主要有租调、杂税、徭役三项。宋、齐时期的田租大致沿袭东晋后期制度，即口税米五石。户调剥削方面，宋孝武帝规定：“天下民户，岁输布四匹”，岁输布四匹只是每户农民应纳户调的平均数额，征收时仍采用“九品相通”的办法，即先评定户产，确定户等，再依据户等高低分派。战争时期，普通农民也需承担兵役，各种徭役更是随意征发。因此，许多自耕农破产流亡，越来越多地沦为士族田庄里的部曲和佃客。
东晋南朝时期，纺织业颇为发达，养蚕技术已相当成熟，豫章等地一年可养蚕四、五熟，永嘉等地一年可达八熟。丝、绵、绢、布等是南朝调税的主要项目，因此纺织成为民间普遍的副业。其中，荆、扬二州的纺织业尤为兴盛。锦业在益州也久负盛名。刘裕灭掉后秦后，把关中的织锦户迁至江南。南朝后期，织锦业也发展起来。富豪人家身着绣裙、脚蹬锦履，用彩帛制作杂花，以绫作服饰，锦作屏障。
北魏初期，每匹绢价值千钱，孝文帝之后降至二、三百钱，这表明丝织品的产量有所增加。
南北朝时期，政府均设有专门官员管理矿冶。建康尚方设有东、西二冶（宋、齐时有南冶，后废除），州、郡有矿冶的设冶令。此外，还有不少私家冶铺作坊；北朝从北魏道武帝开始，也设置官冶，铸造兵器。
在冶铸技术方面，
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