在讨伐令发出后半个月里，春日山城下聚集起两万大军，这个动员速度远远超过东国所有大名，这两万大军被分作两批次，其中五千人将由斋藤朝信作为大将赶赴越中，在那里将与山本时幸、沼田祐光、柿崎景家等人所率领的一万五千军势汇聚在一起，执行吉良义时的讨伐战略。
另外一路则以长尾景虎为总大将，率领一万五千人并携带吉良军团的主力赶赴出羽援救饱海郡内有力国人大宝寺氏，另外信浓方面的设乐贞通、宫部继润以及真田幸隆所部负责扫荡信浓国中一向一揆残党，并发布悬赏令，但有检举一向一揆余孽者一经核实确认便可领取五十文到十贯不等的赏钱。
在贪图利益的乡民配合下，很快就捉拿到千余名一向一揆残党，虽然到最后都没能再捉到武田竜芳，不过还是顺藤摸瓜着捉到几处一向一揆的秘密聚集点，挖出其中藏匿的金银财宝价值数万贯，粮草六千石军械千余套涉案资源大的惊人，由此可见这支力量早就被武田信玄深深的根植在信浓许久。
至于被捉拿的一向一揆残党，被押解到春日山城经过层层审讯确定身份与涉案的层次，主犯全数吊死以儆效尤，从者根据犯下的罪过等级流放至越后各个矿山中挖矿，等待他们的将是永生永世的矿工生活，这是吉良义时学会的新方法，只杀首恶余者不如流配更合适。
信浓如此大规模的清剿境内一向宗很快波及到上野国，很快上野国人也在吉良义时的特许下对国中为数不多的一向宗寺院开刀，抓捕一向宗僧侣流全数流放佐渡岛。霸占一向宗寺产并按比例将夺来的战利品缴纳一半予吉良义时。几乎顷刻之间就将上野国中无辜的一向宗寺院打入完结不复的深渊。
同时吉良奉行众开始发力。三井虎高调任上野奉行主持上野国中检地，撤并村庄拆毁城砦的相关工作，对于上野国人的不满和抱怨，三井虎高解释道：“给你们新的村庄，更安全的居馆还不够好吗？这名山大川上建满土楼山砦与国何益，若有朝一日天下太平你们还继续住在山里吗？”
还有人担心城砦被拆万一遭遇武藏方向的北条军，或者下野方向的进攻就不知该如何抵挡，对于这类有深度的质疑。三井虎高则和颜悦色的告诉他们不用担心，只要主上出马便会战无不胜攻无不克，主上认为据险而守不过插标卖首之辈，只要有人敢打入越后就必须做好遭受猛烈反击的准备。
三井虎高上任第一件事就是推行乐市令全面废止座商特权，并从寺社奉行虎哉宗乙那里取得一张天价罚单，罚没所有与一向宗关联
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